안녕하세요! 질의내용이 명확하지 않으나 해당내용으로 위탁연구개발비 부가가치세 처리로 판단하여 안내해 드립니다. 위탁연구개발기관이 주관기관에 위탁연구 용역을 제공하고 발생하는 매출 부가가치세의 연구비 집행 가능 여부는 주관기관의 매입세액 환급 가능 여부에 따라 결정됩니다. 만약 주관기관이 비영리기관 등 매입 부가가치세를 환급받을 수 없는 기관이라면, 위탁연구개발기관은 수령한 연구비로 매출 부가가치세를 집행하실 수 있습니다. 실무적인 처리 방법으로는 주관기관에 세금계산서를 발행하는 시점에 부가가치세 총액을 연구활동비 중 그 밖의 비용 비목으로 집행하시어 귀 기관의 계좌로 일괄 흡수하시고, 실제 부가가치세 납부 내역을 증빙으로 제출해 주시면 됩니다. 아울러 과제 종료 시점에 실제 집행한 총 위탁연구개발비가 예산보다 적어 잔액이 발생했다면, 그 차액만큼 주관기관에 마이너스 금액으로 수정 세금계산서를 발행하셔야 합니다. 이때 연구비로 사용하셨던 부가가치세 중 초과분은 반드시 연구비 집행 취소 처리를 진행해 주셔야 함을 유의하시기 바랍니다. 반대로 주관기관이 매입 부가가치세를 환급받을 수 있는 영리기관 등이라면, 해당 매출 부가가치세는 연구비에서 집행하실 수 없습니다. 따라서 이 경우에는 연구비 예산과 별개로 주관기관으로부터 부가가치세액을 별도로 수령하여 납부하셔야 함을 안내해 드립니다. 감사합니다.