연구단 참여 중소기업입니다.

1. 참여연구원 중 계획서에 월단가 300만원, 12개월 참여, 총인건비 3600만원, 참여율 100%로 계상되어있는 연구원이 있습니다. 이 연구원의 급여는 매달 300만원씩 연구비에서 지급하였습니다 .
하지만, 실제 근로계약서상, 이 연구원의 월급여는 356만원으로 되어있고, 그래서 나머지 차액은 업체에서 지급을 하고 있습니다. 이럴 경우, 과제계획서상의 총 인건비 금액과는 상관없이 근로계약서상의 월 급여보다 적은 금액이 지급되었으니, 실제 참여율은 100%로 보지 않는 것인가요? 
- 참여율 100%의 경우, 근로계약서상의 월 단가대로 월 356만원이 지급되어야 100% 로 보는것인지.

2. 만약 100% 참여로 보지 않기 때문에, 근로계약서상의 월단가에 맞춰 참여율을 변경해야 한다면, 이미 지나버린 기간 포함해서 참여율 변경과 인건비 미지급에 대한 부분을 같이 진행을 해야하는 것일까요.(인건비 소급 적용은 인정되지 않는 부분인 것을 인지하고 있기에 여쭙니다.)