주관연구기관이 공동연구기관에 지급하는 연구비는 대가를 지급하고 재화 또는 용역을 공급받는 것이 아니므로 과세 대상에서 제외되지만, 공동연구기관(영리기업)에서 지급받은 연구비로 매입부가세 환급이 가능한 경우에는 부가세를 사용금액에서 제외하셔야 합니다. 단, 세무당국에서 사후환급이 불가함을 인정하는 증빙이 있을 경우 인정 가능하며, 환급대상임에도 불구하고 연구기관 내부 사정 등으로 인해 사후환급을 포기하는 경우 정산시 불인정됩니다. 아울러, 과세에 대한 결정권은 세무당국에 있으므로 우리원에서 명확한 답변은 어려울 것으로 판단되오니 국세청 또는 담당세무서에 문의하시기 바랍니다. 또한, 국세청 답변 및 예시는 연구용역에 대한 답변으로 집행 건별 발생되는 매입부가세와는 다소 차이가 있어보이며, 국세청 질의내용 “3)국토교통과학기술진흥원에서는 과제참여 형태가 협동, 기업부담금을 근거로 부가가치세를 내야한다고 하고있으나, 세무서의 답변이 있어야한다는 입장입니다” 는 잘 못 알고계신 내용으로 참여형태 및 기업부담금 납입여부에 따라 면세/과세가 결정되는 사항은 아닙니다. 감사합니다.