안녕하십니까?

저는 포스코건설에 근무하고 있습니다.

저희 회사가 2015년도에 국책과제 수탁과제비로 2400만원을 연세대 산학협력단으로 부터 수령하였습니다.
연구책임자로 부터는 연구비가 2400만원으로 연구과제를 수행했습니다.

산학협력단으로 계산서를 발행요청했습니다만, 세금계산서를 역발행한다고 승인하라고 했습니다.
2400만원에는 VAT 포함 금액이라고 나중에 확인했습니다.(나중에 산학협력단 규정이라고 들었습니다)

부가세에 대해 잘 모르는 상황이라, 연구비를 2400 범위에 맞게 사용하였습니다.
회사에서는 부가가치세를 218만원을 정부에 기 납부했습니다.

현재 감사를 준비하다보니, 부가세 만큼 저희 회사가 더 사용하게 되어서 문제가 될 소지가 있습니다.
산학 담당자 말로는 공공요금으로 부가세를 처리했었어야 했다고 합니다.

1. 대학 산학협력단은 면세기관이라, 국책연구비를 위탁처리시 VAT를 포함해서 집행하는 것이 맞는지요?
  현재 저희 회사에서 다른 공동연구과제 수행 시는 VAT를 제외한 순수 연구비만 입금되고 있습니다.

2. 현재상태에서 VAT를 환급 받을 수 있는지요?

바쁘시더라도 답변을 해주시면 감사하겠습니다.