국토교통부 또는 전문기관이 협약 후 지급하는 연구비는 출연금이므로 부가가치세법 제29조제5항제4호에 따라 과세대상에서 제외되고, 주관연구기관이 공동연구기관에 지급하는 연구비 또한 대가를 지급하고 재화 또는 용역을 공급받는 것이 아니므로 과세대상에서 제외되는 것이 맞다고 판단됩니다. 다만 과세에 대한 결정권은 세무당국에 있으므로 본 답변은 우리원의 해석일 뿐이며 법적효력을 갖는 유권해석이 아님을 알려드립니다. 감사합니다.