안녕하세요 서울교통공사 도시철도연구원 황문세입니다.

제가 담당하고 있는 연구과제는 철도기술연구원이 주관하고 있는 “나노기술을 적용한 실시간 지하구간 오염물질 제거기술” 연구단의 2세부과제 위탁연구를 수행중에 있습니다. 현재 4차년도 연구과제가 진행중이고, 3차년도 연구비 정산을 실시중인데 위탁연구과제 수행으로 인한 세금관련 질의입니다.

2세부과제 협동연구기관인 한국과학기술연구원과 (구)서울도시철도공사(서울교통공사로 통합전)간의 협약 후 연구비 수령을 위하여 세금계산서를 선 발행(2016.7월) 했습니다. 3차년도 연구기간 종료후 삼화회계법인에서 실시한 3차년도 정산결과 매출부가세 10% 초과분에 대하여 불인정처리를 하겠다고 연락이 왔습니다. 그래서 서울교통공사의 재무부서에 해당안건에 대한 처리를 요청드렸는데, (구)서울도시철도공사의 명의로 발급된 세금계산서의 경우 현재 통합(2017.5월)으로 인한 (구)서울도시철도공사는 폐업처리가 완료가 되었기에 2016년 7월에 발급한 세금계산서에 대한 수정발급은 할수 없다라고 알려주었습니다.

그래서 회계법인에 질의를 하였으나 회계법인에서는 진흥원이나 공사의 재무부서에 질의를 하라고 답변이 왔습니다. 하지만 재무부서에서는 “안된다”라고 입장을 밝힌 상태이고, 회계법인에서는 진흥원에서 판단을 해주어야 한다고 하는 상황입니다.

그러다보니 불인정처리 될 경우 회사에서는 이에 대한 처리를 수행하지 않을것이기에 사비로 불인정부분에 대한 비용을 메꿔야 할 상황입니다. 이에 대해서 어떻게 처리를 해야할지 도움을 요청드립니다.