안녕하세요?연구단과제의 주관기관입니다.
저희과제가 차년도가 종료되어 정산을 앞두고 있습니다.
위탁기관이 협약시 연구비를 지급받을 때 세금계산서를 발행했고
협약기간 종료후 위탁기관이 실 사용액 기준으로 세금계산서를 재발행하여
정산을 해야 하는 것으로 알고 있습니다.
만약 위탁기관의 연구비를 6천만원으로 가정하고 아래의 사례처럼 된다면 주관기관에서 국고에 반납해야 하는 위탁부가세는 5,454,545원으로 하는 것이 맞는지 아니면 5,272,727원이 맞는 것인지 알고 싶습니다. 만약 5,272,727원으로 해야 한다면 차액(부가세<181,818>, 공급가액<1,818,182>)에 대해서는 어떻게 처리를 해야 하는 것인지 알고 싶습니다.

가. 주관기관 통해서 연구비를 지급받을 시 : 공급가액 54,545,455원, 부가세 5,454,545의 금액으로 세금계산서 발행
나. 차년도 종료 후 : 실집행금액 기준으로 공급가액 52,727,273원 부가세 5,272,727원의 금액으로 세금계산서 재발행