정확한 연봉을 알수가 없어 외부 인건비 계상이 어렵습니다.

연구비 관리 및 정산 메뉴열의
인건비 계상 기준에 따르면
인건비=연봉총액 * 참여율로 되어 있습니다.
여기서 연봉은 연구원이 근로기준법, 해당기관 인사규정 및 취업규칙에 의해 받는 1년 동안의 임금 총액 입니다.

주관 기관에서는 이에 근거하여
참여율을 결정하여 외부 연구원의 외부 인건비를 계상하였고
이를 계상하는데 필요한
연봉총액은 외부 연구원 소속 기관의 급여 기준이 작성되어 있는
근로계약서상에 명시되어 있는 금액으로 하였습니다.

그런데 예상치 못한 문제가 발생하였습니다.
외부 연구원의 소속 기관이 근로 계약서에 명시되어 있지 않은
실적에 따른 성과금을 연구원에게 추가로 지급하고있었습니다.

따라서 외부 연구원이 1년동안 받은 임금 총액이
근로계약서의 연봉보다 높습니다.

따라서 주관기관에서는 참여율을 13.8%로 하고 근로계약서상 연봉에 따라 참여율을 곱하여
인건비를 지급하고 있는데

실제 급여 명세서와 계좌이체 확인증에 적혀있는 월인건비(*12=연봉)은 근로계약서보다 높으니
졸지에 주관기관에서 인건비를 적게 주는 상황이 되버리고 말았습니다.

문제는 외부 연구원 소속기관에서는
실적에따른 성과금이다 보니 언제 얼만큼 지급될지 자신들도 예상할수가 없어
실제로 외부연구원이 1년동안 받은 연봉을 알수가 없다고 합니다

이 경우에는 어떻게 해결해야 하는지 도움을 부탁드립니다.