수고많으십니다.

“대규모 청정 지하수저수지 개발” 연구단 과제 2세부 공동연구기관으로 현재 3차년도 과제 참여중입니다.

연구개발비 부가가치세 환급과 관련하여 문의 드립니다.

저희 기관은 2차년도부터 연구단과제에 참여하게 되었고, 현재 부산 삼락공원을 시험부지로 하여 시험시설공사를 담당하고 있습니다.

2차년도(2014.09.01.~2015.06.14.) 연구개발비 중 약 8천만원정도 매입세액 부가가치세 환급을 받아 정산을 완료하였고, 현재 3차년도(2015.06.15.~2016.06.14.) 과제 수행중인 현재까지 약 8천만원의 매입에 대한 부가가치세가 발생하였습니다.

하지만 2015년 2기 부가가치세 확정신고 후 관할 세무서(부산수영세무서)에서 정부보조금인 연구개발비는 매입세액공제 대상이 아니라고 이야기 하면서 2차년도에 환급받은 부가가치세 금액까지 추징을 위해 본 기관에 조사를 실시하겠다는 연락을 받았습니다.

본 연구기관(영리기관)에서는 연구개발관리지침과 연구개발비 매뉴얼 규정에 따라 연구개발비 모든 매입세액은 부가세 공제를 받고 환급이 되면 연구비 관리계좌에 부가세를 입금하여 연구비로 재사용하고 있습니다.

국고보조금의 경우 과세표준에서 제외되더라도 본 기관의 사업과 관련이 있으므로 해당 연구개발비로 사용한 매입세액은 공제가 가능하다고 알고 있는데, 관할 세무서 법인납세과에서는 국고보조금은 과세표준에 해당하지 않고 또 기관의 사업과 관련이 없다라고 판단하여 매입세액 불공제를 주장하고 있습니다.

그렇다면 연구개발비 관련 모든 매입자료를 매입세액 불공제로 처리를 해야 하고, 부가세는 연구비 계좌에 다시 입금을 할 필요가 없다는 이야기 같습니다.

현재 3차년도에 발생한 부가세 일부 2천만원을 연구비계좌로 입금한 상태입니다.

위와 관련된 건에 대해 어떻게 처리를 해야 하는지 답변 부탁드리겠습니다.

감사합니다.